医療費控除の計算をする際には、毎年1月1日～12月31日までに支払った医療費の合計額から医療保険等から給付された給付金や保険金を差し引いた金額を控除額として申告します。
保険金などで補填される金額にはどの様なものがあるのか詳しくみてみましょう。

【保険金などから補填されるもの】
国税庁のホームページには、補填される給付金や保険金について下記のように記載されています。

１、生命保険契約や損害保険契約に基づき医療費の補填を目的とした支払いを受ける医療保険金、入院給付金、傷害費用保険金などがあります。

２、社会保険や共済に関する法令や規定に基づき、医療費の支払い事由が給付金を原因としているもの

３、医療費の補填を目的として支払いを受ける損害賠償金

４、任意の互助組織から医療費の補填を目的として支払いを受ける給付金
ちなみに、医療保険やガン保険に加入している人が入院や手術等によって保険から給付金などを受取った場合は、上記1に該当します。

【医療保険から給付金を受け取った場合の控除の計算】
では、実際に医療保険で給付金等を受取った場合の医療費控除の計算をみてみましょう。
例えば、怪我をしてA病院へ15万円の医療費を支払い、保険会社から25万円の給付金を受け取った場合は下記のような計算になります。
1年間に世帯で支払った医療費の合計額―保険から受け取った給付金（25万円）―10万円または所得金額の5%のどちらか少ない額＝医療費控除額

【給付金等を受取った場合勘違いされやすい点】
加入している保険から給付金を受け取った場合の医療費控除で勘違いされやすい点をみてみましょう。
国税局のホームページには支払った医療費を超える補填金について下記のように書かれています。
支払った医療費を補填する保険金等の金額がある場合には、補填の対象となる医療費ごとに計算を行い、支払った医療費を上回る部分の補填金は他の医療費からは差し引きません。と書かれています。
これは、保険金の対象になる医療費ごとに差し引くことで、他の医療費に影響を与えないような仕組みになっているからです。

【まとめ】
医療費控除は、自身で確定申告をしなければ還付金を受取ることはできません。入院や怪我などで治療を目的とする給付金を受け取った場合は、少々複雑になりますが、これを機会に給付金や保険金を受け取った場合の医療費控除の仕方も理解しておきましょう。
特に、家族が多い人や年間の医療費が高額な人などは所得税、住民税の軽減になりますのでぜひ活用したい制度です。